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eClims

Traduction(s) de cet article : English
Intervenant(s) :Pierre Naubourg
Type d'événement :Conférence
Niveau :Confirmé
Date :Jeudi 9 juillet 2009
Horaire :15h00
Durée :20 minutes
Langue :Français
Lieu :Salle E202 - Ireste

La protéomique est un sous-domaine de la biologie qui consiste en l’étude de l’ensemble des protéines exprimées par le matériel génétique d’un individu. Elle utilise des technologies dites à haut débit (spectrographie de masse, l’électrophorèse, etc.) qui conduisent à la production de grandes quantités d’information sous différentes formes (images, textes, matrices, spectres de masse, etc.). Cette production de données requiert la réalisation de protocoles expérimentaux coûteux en temps, en ressources, en connaissance, en traitements, en stockage, etc.

Un point important pour l’utilisation et la réinterprétation des expérimentations est la contextualisation des données qui permet la réutilisabilité mais aussi le partage des données.

Quel que soit le domaine, une contextualisation pertinente des données se doit de prendre en compte des références faisant consensus. Dans le domaine biomédical, il existe plusieurs initiatives de standardisation de la part de différents acteurs comme par exemple : l’icd (International Classification of Diseases) qui permet de définir une nomenclature précise des pathologies dont le patient est atteint ; les conseils aux tumorothèques définissent des cadres législatifs français relatifs à la conservation des échantillons tumoraux et des données personnelles sur les patients ; la classification tnm (Tumor, Nodes, Metastasis) définissant les stades d’évolution des cancers.

Outre cet aspect d’« intégration de contexte », les intérêts de la réalisation d’un lims (Laboratory Information Management System) libre sont sa capacité d’adaptation et la garantie de pouvoir réutiliser les données. Par exemple, la législation sur la conservation des données personnelles est différente d’un pays à l’autre, de même chaque laboratoire n’utilise pas le même matériel expérimental.

La possibilité d’accéder au code source du logiciel et de le modifier permet son adaptation à différents contextes d’utilisation et optimise ainsi sa diffusion.

Notre projet de lims se découpe en trois modules distincts : la gestion des données expérimentales (ePimsTM ), la gestion des workflows statistiques (ASA-Stats) et la gestion des données cliniques (eClims). Notre présentation s’articulera principalement autour de l’organisation et des fonctionnalités de eClims. Néanmoins, chaque module étant développé par un acteur différent, nous présenterons l’organisation de la communauté des utilisateurs et des développeurs.

Auteurs : Pierre Naubourg (LE2I, Université de Bourgogne), Valentin Bouquet (ASA, Montpellier) et Caroline Truntzer (CLIPP, Dijon)

Intervenant : Pierre Naubourg

Pierre Naubourg est en deuxième année de doctorat informatique au sein du laboratoire LE2I de l’université de Bourgogne. Son travail de thèse s’est orienté vers les modes de gestion de contraintes au sein des modèles UML et tend à proposer un framework de positionnement des contraintes UML afin de faciliter la compréhension des modèles applicatifs biologiques. L’aspect pratique de cette thèse est la réalisation d’un prototype de gestion de données cliniques pour la recherche en protéomique (eClims).

Documents joints

Diaporama
Diaporama (PDF - 2.3 Mo)