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Bioinformatique avec Debian GNU/Linux

Traduction(s) de cet article : English
Intervenant(s) :Andreas Tille
Type d'événement :Conférence
Niveau :Confirmé
Date :Jeudi 9 juillet 2009
Horaire :11h10
Durée :20 minutes
Langue :English
Lieu :Salle E202 - Ireste

Le projet Debian Med a pour but de supporter tous les champs du domaine de la santé mais le domaine de la microbiologie s’est révélé être actuellement la plus forte partie du projet.

Lenny, la dernière version stable de Debian a vu arriver EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite), une collection très complète d’outils pour l’analyse de séquences biologiques, et d’une de ses interfaces web, EMBOSS Explorer, qui peut être utilisée localement, sur intranet ou sur Internet, après une installation qui se limite à saisir la commande "aptitude install emboss-explorer".

Debian Med met maintenant à disposition tous les principaux programmes libres pour l’alignement de séquences multiples. L’un d’entre eux, T-Coffee, peut fonctionner comme un meta-aligneur (« M-Coffee »), qui lance plusieurs programmes et combine leurs résultats en un alignement de meilleure qualité. Son auteur développe pour Debian Med une version qui ne dépend que de logiciels libres, « DM-Coffee », dans laquelle le programme Clustal W a été remplacé par Kalign.

Andreas Tille est mainteneur Debian depuis 1998 et est particulièrement impliqué dans Debian med, une version de Debian adaptée aux exigences de la pratique médicale et de la recherche.

Documents joints

Diaporama
Diaporama (PDF - 519.9 ko)